เครือข่ายเพื่อการพัฒนาอุดมศึกษาจะประกอบด้วยเครือข่ายในระดับต่างๆ ดังนี้

1. เครือข่ายอำนวยการกลาง (หรือเรียกว่า เครือข่าย A) เป็นเครือข่ายอำนวยการระดับสำนักงานคณะกรรมการการอุดมศึกษา ทำหน้าที่ในด้านการกำหนดและส่งผ่านนโยบายไปยังเครือข่ายอุดมศึกษา ทำหน้าที่ในด้านการกำหนดและส่งผ่านนโยบายไปยังเครือข่ายอุดมศึกษาภูมิภาค (9 เครือข่าย) ส่งเสริม สนับสนุน ประสานให้คำแนะนำ และติดตามประเมินผลการดำเนินงานเครือข่ายเพื่อการพัฒนาอุดมศึกษา มีองค์กรที่ทำหน้าที่บริหารจัดการ คือ คณะอนุกรรมการอำนวยการเครือข่ายเพื่อการพัฒนาอุดมศึกษา ซึ่งมีเลขาธิการคณะกรรมการการอุดมศึกษาเป็นประธาน แต่งตั้งโดยคณะกรรมการการอุดมศึกษา

2. เครือข่ายอุดมศึกษาภูมิภาค (หรือเรียกว่า เครือข่าย B) เป็นเครือข่ายกลางในระดับภูมิภาค 9 เครือข่าย ทำหน้าที่บริหารจัดการเครือข่ายในระดับพื้นที่ รับและส่งผ่านนโยบายจากเครือข่ายอำนวยการกลางไปดำเนินการหรือส่งผ่านไปยังเครือข่ายเชิงประเด็น มีองค์กรที่ทำหน้าที่บริหารจัดการ คือ คณะกรรมการการบริหารเครือข่ายอุดมศึกษาภูมิภาค มีอธิการบดีของสถาบันแม่ข่ายเป็นประธาน แต่งตั้งโดยประธานคณะอนุกรรมการอำนวยการเครือข่ายเพื่อการพัฒนาอุดมศึกษา

3. เครือข่ายเชิงประเด็น (หรือเรียกว่า เครือข่าย C) เป็นเครือข่ายที่อยู่ในกำกับดูแลของเครือข่ายอุดมศึกษาภูมิภาค ทำหน้าที่ตามวัตถุประสงค์และภารกิจเฉพาะด้าน ซึ่งอาจจะเป็น Agenda based lssus based หรือ Function based มีองค์กรที่ทำหน้าที่บริหารจัดการในรูปคณะกรรมการ/คณะอนุกรรมการมีอธิการบดีหรือผู้ที่ได้รับมอบหมายจากสถาบันแม่ข่ายของเครือข่ายเชิงประเด็นเป็นประธาน แต่งตั้งโดย คณะกรรมการบริหารเครือข่ายอุดมศึกษาภูมิภาค

เครือข่ายทั้ง 3 ระดับนี้สามารถแสดงเป็นโครงสร้างเครือข่ายเพื่อการพัฒนาอุดมศึกษาได้ดังนี้

เครือข่ายเพื่อการพัฒนาอุดมศึกษาเป็นเครือข่ายกลางเชื่อมโยงระหว่างสำนักงานคณะกรรมการการอุดมศึกษาและสถาบันอุดมศึกษาทั่วประเทศ โดยถือเป็นโครงสร้างหนึ่งในระบบอุดมศึกษา เพื่อทำหน้าที่เป็นกลไกหลักในการผลักดันเชิงนโยบาย การเชื่อมโยงการดำเนินการตามภารกิจหลักของการอุดมศึกษาของประเทศ ที่มุ่งเน้นการใช้ทรัพยากรและองค์ความรู้ร่วมกันระหว่างสถาบันอุดมศึกษา ผู้ประกอบการ และชุมชนท้องถิ่น อย่างมีประสิทธิภาพและประสิทธิผล ตลอดจนการพัฒนาเครือข่ายให้มีประสิทธิผล ตลอดจนการพัฒนาเครือข่ายให้มีประสิทธิภาพ เข้มแข็งและยั่งยืนเพื่อการพัฒนาอุดมศึกษาของประเทศ

อนึ่ง การดำเนินงานในลักษณะเครือข่ายเพื่อการพัฒนาอุดมศึกษานี้จะสนองต่อแผนอุดมศึกษาระยะยาว 15 ปี ฉบับที่ 2 (พ.ศ. 2551-2565) อีกทั้ง จะเป็นการกระจายอำนาจการบริหารการจัดการสู่เครือข่ายเชิงประเด็นเพื่อนำเสนอโครงการและกิจกรรมต่างๆ ซึ่งเป็นการเปลี่ยนแปลงการบริหารจาก Centralization ไปสู่ Decentralization และจาก Top down ไปสู่ Bottom up เป็นการสอดคล้องกับหลักการบริหารกิจการบ้านเมืองที่ดีด้วย